そういう時は、プロジェクトのテンプレートを書き換えればおk。
プロジェクトのテンプレートは下記のフォルダの中にあります。
%ProgramFiles%\Microsoft Visual Studio 10.0\Common7\IDE\ProjectTemplatesCache\CSharp\Windows\1041
例えばコンソールアプリケーションのテンプレートは、下記のファイルになります。
ConsoleApplication.zip\consoleapplication.csproj
こいつを開いて下記の記述を削除すれば、デフォルトでは Client Profile が使用されなくなります。
$if$ ($targetframeworkversion$ >= 4.0)
<TargetFrameworkProfile>Client</TargetFrameworkProfile>
$endif$